ridm@nrct.go.th   ระบบคลังข้อมูลงานวิจัยไทย   รายการโปรดที่คุณเลือกไว้

Probability-based scoring function as a software tool used in the genome-based identification of proteins from Spirulina platensis

หน่วยงาน สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ

รายละเอียด

ชื่อเรื่อง : Probability-based scoring function as a software tool used in the genome-based identification of proteins from Spirulina platensis
นักวิจัย : Wimada Thammasorn , Korakot Eadjongdee , Apiradee Hongsthong , Kriengkrai Porkaew , Supapon Cheevadhanarak , กรกช เอียดจงดี , อภิรดี หงส์ทอง , เกรียงไกร ปอแก้ว , สุภาภรณ์ ชีวะธนรักษ์
คำค้น : 2D-DIGE , Bisection method and Probability-based scoring function , Peptide Mass Fingerprinting (PMF) , Protein isoelectric points (pI) , S. platensis , ศูนย์พันธุวิศวกรรมและเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ
หน่วยงาน : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ
ผู้ร่วมงาน : -
ปีพิมพ์ : 2552
อ้างอิง : http://www.nstda.or.th/thairesearch/node/18856
ที่มา : -
ความเชี่ยวชาญ : -
ความสัมพันธ์ : -
ขอบเขตของเนื้อหา : -
บทคัดย่อ/คำอธิบาย :

One of the major goals of proteomic research is the identification of proteins, a goal that often requires various software tools and databases. These tools have to be able to handle large amounts of data, such as those generated by PMF (Peptide Mass Fingerprinting), a high throughput technique. A newly sequenced organism, Spirulina platensis, was recently used to generate an in silico database, and thus an in-house tool designed for compatibility with this database and its inputs (PMF) was constructed in the present study. With a probability based scoring function, this tool effectively ranked ambiguous protein identification results by using five criteria: score, number of matched peptides, % coverage, pI and molecular weight. As a result, the protein identification step of Spirulina proteomic studies can be achieved precisely. Moreover, a very useful function of this tool is its capability for batch processing, in which the system can handle proteinidentification searches of a hundred of proteins automatically, from a single user’s input. Therefore, the tool not only gives accurate protein identification results but also saves the user time in processing a large amount of data.

บรรณานุกรม :
Wimada Thammasorn , Korakot Eadjongdee , Apiradee Hongsthong , Kriengkrai Porkaew , Supapon Cheevadhanarak , กรกช เอียดจงดี , อภิรดี หงส์ทอง , เกรียงไกร ปอแก้ว , สุภาภรณ์ ชีวะธนรักษ์ . (2552). Probability-based scoring function as a software tool used in the genome-based identification of proteins from Spirulina platensis.
    ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ.
Wimada Thammasorn , Korakot Eadjongdee , Apiradee Hongsthong , Kriengkrai Porkaew , Supapon Cheevadhanarak , กรกช เอียดจงดี , อภิรดี หงส์ทอง , เกรียงไกร ปอแก้ว , สุภาภรณ์ ชีวะธนรักษ์ . 2552. "Probability-based scoring function as a software tool used in the genome-based identification of proteins from Spirulina platensis".
    ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ.
Wimada Thammasorn , Korakot Eadjongdee , Apiradee Hongsthong , Kriengkrai Porkaew , Supapon Cheevadhanarak , กรกช เอียดจงดี , อภิรดี หงส์ทอง , เกรียงไกร ปอแก้ว , สุภาภรณ์ ชีวะธนรักษ์ . "Probability-based scoring function as a software tool used in the genome-based identification of proteins from Spirulina platensis."
    ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ, 2552. Print.
Wimada Thammasorn , Korakot Eadjongdee , Apiradee Hongsthong , Kriengkrai Porkaew , Supapon Cheevadhanarak , กรกช เอียดจงดี , อภิรดี หงส์ทอง , เกรียงไกร ปอแก้ว , สุภาภรณ์ ชีวะธนรักษ์ . Probability-based scoring function as a software tool used in the genome-based identification of proteins from Spirulina platensis. ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ; 2552.