ridm@nrct.go.th   ระบบคลังข้อมูลงานวิจัยไทย   รายการโปรดที่คุณเลือกไว้

A sequence-based computational approach to predicting PDZ domain-peptide interactions

หน่วยงาน สถาบันวิจัยและให้คำปรึกษาแห่ง มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์

รายละเอียด

ชื่อเรื่อง : A sequence-based computational approach to predicting PDZ domain-peptide interactions
นักวิจัย : Songyot Nakariyakul , Liu, Zhi-Ping , Chen, Luonan
คำค้น : Dipeptide composition , Feature selection , PDZ domain-peptide interaction , Protein interaction , Protein sequence encoding
หน่วยงาน : สถาบันวิจัยและให้คำปรึกษาแห่ง มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์
ผู้ร่วมงาน : -
ปีพิมพ์ : 2557
อ้างอิง : Biochimica et Biophysica Acta. 1844, 1 part B (2014) pp. 165-170 , 1570-9639 , http://dspace.library.tu.ac.th/handle/3517/7181
ที่มา : -
ความเชี่ยวชาญ : -
ความสัมพันธ์ : -
ขอบเขตของเนื้อหา : -
บทคัดย่อ/คำอธิบาย :

The PDZ domain is one of the most ubiquitous protein domains that is involved in coordinating signaling complex formation and protein networking by reversibly interacting with multiple binding partners. It has been linked to many devastating diseases such as avian influenza, Fraser syndrome, Usher syndrome and Dejerine–Sottas neuropathy. Understanding the selectivity of PDZ domains can help elucidate how defects in PDZ proteins and their binding partners lead to human diseases. Since experimental methods to determine the interaction specificity of the PDZ domains are expensive and labor intensive, an accurate computational method is thus needed. Our developed support vector machine-based predictor using dipeptide composition is shown to qualitatively predict PDZ domain-peptide interaction with a high accuracy rate. Furthermore,since most of the dipeptide compositions are redundant and irrelevant, we propose a new hybrid feature selection technique to select only a subset of these compositions for interaction prediction. The experimentalresults show that only approximately 25% of dipeptide features are needed and that our method improves the prediction results significantly. The selected dipeptide features are also analyzed and shown to play important roles in specificity patterns of PDZ domains. Our method is based only on primary sequence information,and it can be used for the research of drug target and drug design in identifying PDZ domain-ligand interactions. This article is part of a Special Issue entitled: Computational Proteomics, Systems Biology & Clinical Implications.

บรรณานุกรม :
Songyot Nakariyakul , Liu, Zhi-Ping , Chen, Luonan . (2557). A sequence-based computational approach to predicting PDZ domain-peptide interactions.
    กรุงเทพมหานคร : สถาบันวิจัยและให้คำปรึกษาแห่ง มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ .
Songyot Nakariyakul , Liu, Zhi-Ping , Chen, Luonan . 2557. "A sequence-based computational approach to predicting PDZ domain-peptide interactions".
    กรุงเทพมหานคร : สถาบันวิจัยและให้คำปรึกษาแห่ง มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ .
Songyot Nakariyakul , Liu, Zhi-Ping , Chen, Luonan . "A sequence-based computational approach to predicting PDZ domain-peptide interactions."
    กรุงเทพมหานคร : สถาบันวิจัยและให้คำปรึกษาแห่ง มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ , 2557. Print.
Songyot Nakariyakul , Liu, Zhi-Ping , Chen, Luonan . A sequence-based computational approach to predicting PDZ domain-peptide interactions. กรุงเทพมหานคร : สถาบันวิจัยและให้คำปรึกษาแห่ง มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ; 2557.